醫院廢水處理設備采用國際的生物處理工藝，在總結國內外生活廢水處理裝置的運行經驗的基礎上，結合自己的科研成果和工程實踐，設計出一種可地埋設置的成套有機廢水處理裝置，集去除BOD5、COD、NH3-N于一身，具有技術性能穩定可靠、處理效果好、投資省、自動化運行、維護操作方便、不占地表面積、不需蓋房、不需采暖保溫等優點。地面之上可種花種草，不影響周圍環境。

醫院酸性廢水主要來自于檢驗項目或化學清洗劑。 酸性廢水腐蝕排水管道，與金屬反應產生氫陵柜員試氣，濃度較高時與水接觸放熱，與鹽類接觸發生爆炸。 酸性廢水引起廢水整體pH值的變化，也會引起和促成其他化學物質的變化。 氮化鈉等物質在酸性條件下能生成疊氮化鈉（NaN3），引起爆炸，且有很強的毒性。 對酸性廢水常采用中和處理。以氫氧化鈉、石灰作為中和劑，加入酸性廢水中通過攪拌達到目的。

廢水處理:廢水主要來自各種口腔門診和計測儀器儀表中使用的汞。 危害，進入水體后可轉化為有機汞，并通過食物鏈的富集濃縮。 廢水處理方法包括鐵屑還原法、化學沉淀法、活性炭吸附法和離子交換法。
醫院污水處理主要是消毒，即殺滅病原體。常用的方法是氯化消毒或用臭氧消毒(見水的消毒、廢水氧化處理法)。

醫院污水的水質特點是含有大量的病原體──病菌、病毒和寄生蟲卵。如結核病醫院污水，每升可檢出結核桿菌幾十萬至幾百萬個。醫院污水還含有消毒劑、藥劑、試劑等多種化學物質。利用放射性同位素醫療手段的醫院的污水還含有放射性物質。醫院污水的水量與醫院的性質、規模及所在地區的氣候等因素有關，按每張病床計一般為每天200～1000升。
醫院的污水，除一般生活污水外，還含有化學物質、放射性廢水和病原體。因此，經過處理后才能排放，特別是肝炎等傳染病病房排出來的污水，須經消毒后才可排放。無集中式污水處理設備的醫院，對有傳染性的糞便，單消毒使其無害化。常用消毒劑有二氧化氯、漂白粉、次氯酸鈉、臭氧。對含放射性同位素的污水，應按同位素處理要求處理。醫院污水在處理過程中，沉淀的污泥含有大量的細菌、病毒和寄生蟲卵，須經消毒（常用熟石灰消毒）或高溫堆肥后方可用作肥料。
醫院各部門的功能、設施和人員組成情況不同，產生污水的主要部門和設施有：診療室、化驗室、病房、洗衣房、X光照像洗印、動物房、同位素治療診斷、手術室等排水。醫院行政管理和醫務人員排放的生活污水，食堂、單身宿舍、家屬宿舍排水。不同部門科室產生的污水成分和水量各不相同，如重金屬廢水、含油廢水、洗印廢水、放射性廢水等。而且不同性質醫院產生的污水也有很大不同。醫院污水較一般生活污水排放情況復雜。