當采用處理流程時，醫院污水應與職工生活區污水、雨水分流，僅對醫院污水進行消毒處理；當采用二級或深度處理流程時，根據需要，職工生活區污水可與醫院污水河流進行處理，但廚房用水設隔油井（池）。醫療污水處理設備根據醫院污水的特點，一般采用成熟的“厭氧水解+生物接觸氧化+消毒”的工藝。

污水處理設備的特點：污水處理設備工藝很多，可以采用化學工藝、物理工藝以及蒸發工藝或者采用組合工藝等。污水處理設備可以選擇各種材料，根據水質情況可以選擇鋼制或PE聚乙烯的材料，也可以選擇鈦材等金屬材質，可以具有較強的抗腐蝕性、等特性，從而擁有較長的使用壽命。污水處理設備同時還具備了自動系統，運行的時候更加可靠安全，日常使用中不需要人來操作，只需要等到出現報警提醒的時候來操作并解除報警就可以。污水處理設備安裝方便，可以遠程控制，不需要值守，節省人力。通過污水處理設備處理過的水質，可以回用也是沒有任何副作用的，基本都能達標排放。

對于綜合醫院(不帶傳染病房)污水處理可采用“預處理→強化處理→消毒”的工藝。通過混凝沉淀(過濾)去除攜帶病毒、病菌的顆粒物，提高消毒效果并降低消毒劑的用量，從而避免消毒劑用量過大對環境產生的不良影響。醫院污水經化糞池進入調節池，調節池前部設置自動格柵，調節池內設提升水泵。污水經提升后進入混凝沉淀池進行混凝沉淀，沉淀池出水進入接觸池進行消毒，接觸池出水達標排放。

二級處理工藝流程(非傳染病和傳染病污水) ：傳染病醫院的污水和糞便宜分別收集。生活污水直接進入預消毒池進行消毒處理后進入調節池，病人的糞便應先立消毒后，通過下水道進入化糞池或單處理。各構筑物須在密閉的環境中運行，通過統一的通風系統進行換氣，廢氣通過消毒后排放，消毒可采用紫外線消毒系統。

工藝特點 ：好氧生化處理單元去除CODcr、BOD5等有機污染物，好氧生化處理可選擇接觸氧化、活性污泥和好氧處理工藝，如膜生物反應器、曝氣生物濾池等工藝。采用具有過濾功能的好氧處理工藝，可以降低懸浮物濃度，有利于后續消毒。
適用范圍： 適用于傳染病醫院(包括帶傳染病房的綜合醫院)和排入自然水體的綜合醫院污水處理。

現代污水處理技術，按處理程度劃分，可分為、二級和三級處理，一般根據水質狀況和處理后的水的去向來確定污水處理程度。 處理主要去除污水中呈懸浮狀態的固體污染物質，物理處理法大部分只能完成處理的要求。經過處理的污水，BOD一般可去除30%左右，達不到排放標準。處理屬于二級處理的預處理。 二級處理主要去除污水中呈膠體和溶解狀態的有機污染物質（BOD，COD物質），去除率可達90%以上，使有機污染物達到排放標準，懸浮物去除率達95%出水效果好。 三級處理進一步處理難降解的有機物、氮和磷等能夠導致水體富營養化的可溶性無機物等。主要方法有生物脫氮除磷法，混凝沉淀法，砂濾法，活性炭吸附法，離子交換法和電滲析法等。