臭氧水殺滅情況有些不同，其氧化反應有兩種，微生物菌體既與溶解水中的臭氧直接反應，又與臭氧分解生成之羥基OH的間接反應，由于羥基OH為氧化性的氧化劑，因此臭氧水的殺菌速度極快。

臭氧能氧化分解細菌、病毒內部氧化葡萄糖所的葡萄糖氧化酶，并直接與細菌、病毒發生作用，氧化并穿透其細胞壁，破壞其細胞器和核糖核酸，分解DNA、RNA、蛋白質、脂質類和多糖等大分子聚合物，使細菌、病毒的新陳代謝和繁殖過程遭到破壞，而奪取細菌病毒的生命。同時還可以滲透細胞膜組織、侵入細胞膜內作用于外膜脂蛋白和內部的脂多糖，使細胞發生通透性畸變，導致細胞溶解性死亡，并將死亡菌體內的遺傳基因、寄生菌種、寄生病毒粒子、噬菌體、支原體及熱源（內毒素）等溶解死亡。綜觀無菌技術對微生物作用的原理可分為型、殺菌和溶菌型三種。臭氧滅菌消毒屬于溶菌型劑體，可以達到“、地消滅物體內部所有微生物的目的”，不僅這樣而且它的作用是瞬間完成的。

應用的機理與性

食品行業應用臭氧的目的有兩個方面：一是殺滅微生物－殺菌消毒；二是氧化分解有機或無機物污染氣味－除臭凈化 。兩方面的應用基礎均依賴于O3的強氧化性能和不穩定易分解的特性 。

殺菌消毒

臭氧為氣體消毒劑，其殺菌過程為強氧化作用使微生物細胞中的多種成分產生反應，從而產生不可逆轉的變化而死亡。一般認為，臭氧滅活病毒是通過直接破壞其核糖核酸(RNA)或脫氧核糖核酸（DNA）物質完成的。而殺滅細菌、霉菌類微生物則是臭氧作用于細胞膜，使膜構成成分受損傷，導致新陳代謝障礙并抑制其生長，臭氧繼續滲透破壞膜內組織，直至殺死。濕度增加提高殺滅率，是由于高濕度下細胞膜膨脹變薄，其組織容易被臭氧破壞。

除臭凈化

臭氧去除異味性能。依靠其氧化性能可快速分解產生臭味及其他氣味的有機或無機物質。臭味的主要成分是胺R3N、硫化氫H2S、甲硫醇CH3SH等。臭氧對其氧化分解，生成物沒有氣味。

1、殺菌消毒：臭氧能夠殺滅細菌繁殖體、芽胞、真菌及病毒等一切病原微生物，對室內空氣和物品表面消毒與殺菌達到理想效果。

2、防霉保鮮：臭氧對霉菌具有的殺滅和抑制能力，同時可吸收果蔬呼吸排出的乙烯氣體，抑制貯藏中的果蔬繼續成熟，對于食品、果蔬有的防霉、保鮮作用。

3、促進健康：臭氧可快速還原氧氣，增加室內氧氣濃度，促進人體細胞活化、改善血液循環和新陳代謝，預防疾病發生。

4、驅鼠防蟲：臭氧特可快速的氣味可以驅除對氣味較敏感的小動物和昆蟲（如老鼠、蟑螂等）。

5、去除異味：分解消除煙味、酒味、氨味、霉味、臭味、家具散發出的甲醛、甲苯及一氧化碳、油漆味等有害氣體。起到凈化空氣的作用，明顯改善空氣質量，保持室內空氣自然清新。