臭氧的應用主要是滅菌消毒。這主要是因為臭氧有的氧化能力，臭氧在一定濃度下能與細菌、病毒、病原體等微生物產生生化反應。臭氧具有很高的能量，在常溫、常壓下很快自行分解為氧（O2）和單個氧原子（O），單個氧原子具有很強的活性，對細菌、病毒、病原體等微生物具有較強的氧化作用。

臭氧能氧化分解細菌、病毒內部氧化葡萄糖所的葡萄糖氧化酶，并直接與細菌、病毒發生作用，氧化并穿透其細胞壁，破壞其細胞器和核糖核酸，分解DNA、RNA、蛋白質、脂質類和多糖等大分子聚合物，使細菌、病毒的新陳代謝和繁殖過程遭到破壞，而奪取細菌病毒的生命。同時還可以滲透細胞膜組織、侵入細胞膜內作用于外膜脂蛋白和內部的脂多糖，使細胞發生通透性畸變，導致細胞溶解性死亡，并將死亡菌體內的遺傳基因、寄生菌種、寄生病毒粒子、噬菌體、支原體及熱源（內毒素）等溶解死亡。綜觀無菌技術對微生物作用的原理可分為型、殺菌和溶菌型三種。臭氧滅菌消毒屬于溶菌型劑體，可以達到“、地消滅物體內部所有微生物的目的”，不僅這樣而且它的作用是瞬間完成的。

食品行業應用臭氧的目的有兩個方面：一是殺滅微生物－殺菌消毒；二是氧化分解有機或無機物污染氣味－除臭凈化 。兩方面的應用基礎均依賴于O3的強氧化性能和不穩定易分解的特性 。臭氧去除異味性能。依靠其氧化性能可快速分解產生臭味及其他氣味的有機或無機物質。臭味的主要成分是胺R3N、硫化氫H2S、甲硫醇CH3SH等。臭氧對其氧化分解，生成物沒有氣味。

紫外線以光波輻射作用殺菌，只有照射到的位置且達到照射強度標準才有殺菌效果。食品加工車間很高、很大，照射強度與距離平方成反比，強度不夠，照射又有很大死角。臭氧為氣體，擴散性好，無死角，濃度均勻紫外線殺菌在相對濕度60%以上時效果急劇下降，80%濕度上時反可誘使細菌復活。臭氧則相反，濕度越高殺菌效果越好，對食品行業80%－90%高濕環境特別適合

臭氧主要存在于距地球表面20千米的同溫層下部的臭氧層中，含量約50ppm。它吸收對人體有害的短波紫外線，防止其到達地球，以屏蔽地球表面生物，不受紫外線侵害。

　　臭氧機生產的臭氧的氧化能力，其氧化還原電位僅次于氟，在其應用中主要用這一特性。

　　臭氧支持燃燒，可燃物放入臭氧中可發生自燃現象且燃燒較氧氣中更加劇烈。

　　臭氧與亞鐵、Mn2+ 、硫化物、硫氰化物、氰化物、氯等均發生反應，臭氧在水溶液中與有機物的反應極其復雜。

　　⑴ 臭氧與烯烴類化合物的反應 臭氧容易與具有雙鍵的烯烴化合物發生反應，反應的終產物可能是單體的、聚合的、或交錯的臭氧化物的混合體。臭氧化物分解成醛和酸。

　　⑵ 臭氧和芳香族化合物的反應 臭氧和芳香族化合物的反應較慢，在系列苯<萘<菲<嵌二萘<蒽中，其反應速度常數逐漸增大。

　　⑶臭氧機的臭氧對核蛋白(氨基酸)系、有機氨也都發生反應。

因下水道不能一直保持關閉，里面的穢氣就會隨著地漏口進入衛生間，雖然 我們都會將衛生間清潔的很好，有時還會有一些難聞的味道，這就是細菌在作怪。它們可以把下水道中的菜葉、飯渣分解，從而產生穢氣，其中包含硫化氫，有臭雞蛋氣味，甲醛等。這時候，我們就可以準備一盆自來水，將臭氧機的導氣管通入自來水中，制成臭氧水，倒進下水道中。因臭氧水有很強的殺菌消毒的作用，這些細菌就思密達了。
長時間使用，也會很難聞，及時用肥皂，洗衣液清洗，但是曬干之后，發現 味道還有，這就很討厭了。那是因為毛巾上面滋生了細菌，分解毛巾上面的附著物，產生的怪味。同樣，我們可以講毛巾和浴巾放在臭氧水中浸泡20分鐘左右，就可以煙消云散了。