臭氧殺菌機理以氧化作用破壞微生物膜的結構實現殺菌作用。臭氧作用于細胞膜，使膜構成成份受損傷而導致新陳代謝障礙，臭氧繼續滲透穿透膜而破壞膜內脂蛋白和脂多糖，改變細胞的通透性，導致細胞溶解、死亡。而臭氧滅活病毒則認為氧化作用直接破壞其核糖核酸RNA或脫氧核糖核酸DNA物質而完成的。

臭氧的應用主要以發生量來確定，分為氣態下消毒和液態下消毒兩大類。臭氧發生量和使用量一般按照發生量的額定發生量乘以時間來確定，但在不同的用途和不同的場所應計出衰減量而后確定。臭氧發生器在使用中，氣源的配置直接影響臭氧的發生濃度、產量和純度，氣源一般分為普通氣源、干燥空氣源、富氧氣源和工業氧氣氣源四種，以上氣源的配置 ，在發生裝置相同的情況，濃度和產量依次遞增。按照應用常識，一般不應配置普通氣源，因為這會影響發生裝置的連接使用壽命并導致發生量不穩定。

安全濃度人們允許接觸的臭氧濃度不大于0.2mg/m3。

◎臭氧工業衛生標準： 國際臭氧協會： 0.1 ppm，接觸10小時 美 國： 0.1 ppm，接觸 8小時 德、法、日 本： 0.1 ppm 中 國： 0.15ppm

◎家用臭氧消毒柜外臭氧泄漏量不得超過0.2mg/m3（指1.5米以外），消毒一個周期后殘留濃度不得大于0.2mg/m3。

◎動物試驗表明，臭氧毒性的起點濃度為0.3ppm，而人對空氣中臭氧可嗅知的濃度為0.02～0.04ppm，根據臭氧對肺功能毒性的試驗結果，提出1.5～2.0ppm為臭氧允許濃度的上限。衛生部規定臭氧高允許濃度為0.2mg/m3。

從世界的臭氧技術產業來看，以水處理的殺菌凈化為主要市場，而水凈化臭氧裝置包括臭氧源與氣水混合裝置兩部分。臭氧發生器應提供足夠濃度與產量的臭氧，混合裝置以率使臭氧溶解在水中，即達到一定的臭氧溶解度。因此，一臺好的臭氧發生器要有優良的氣水混合裝置，使臭氧能地和水混合，使水中的臭氧溶解度能滿足完全殺菌。

臭氧又稱活氧、高能離子氧、三原子氧，臭氧為純凈物。在常溫下，易分解，生成氧氣和氧原子。用于水和空氣的消毒，在化學工業中用作強氧化劑。

臭氧可殺滅細菌繁殖體和牙胞、病毒、真菌等。殺滅率在90% 以上。對于病毒的滅活是通過O3（臭氧）的強氧化作用，直接破壞其RNA或DNA，對細菌、真菌類微生物則是先破壞其細胞膜繼而氧化分解細菌的葡萄糖、脫氫氧化酶，導致細菌膜繼而氧化過程被破壞，從而造成微生物的死亡。

臭氧消毒機主要用于食品藥品化妝品等行業的加工車間和類似場所的空氣滅菌和物體表面滅菌。臭氧消毒機按安裝形式可分為：移動式、壁掛式、吊燈式、落地式等。臭氧消毒機在制藥廠GMP車間和HVAC系統配套使用時，通常分為內置式和外置式兩種。使用臭氧發生器制取臭氧的機器稱為臭氧消毒機，這里臭氧作為消毒劑使用。