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荔枝根系因苗木繁殖方法不同而異。實生樹及嫁接樹有發達的主根；高壓（圈枝）繁殖的荔枝側根須根發達，沒有主根。荔枝的根系由很多粗壯發達的側根和纖細茂密的細根所組成，初生的幼根白色，肉質，質脆易斷，俗稱“豆芽根”。
荔枝枝梢的特性因品種而異。禾荔的枝條密而短；大造、水東疏而長；桂味硬而脆。荔枝新梢黃綠色，表皮著生許多灰白色的圓形或橢圓形的斑點；老熟的枝梢灰褐色；多年生枝條顏色較深。
一個小花組一般由三個花蕾組成，品字形排列，二個小花組和中間一個單花蕾即七個花蕾構成一個花組。有些大穗型的花穗還由二個花組和中間一個單花蕾，即15個花蕾組成一個大花組。一般2～7個花組（或大花組）構成一個支穗。
