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老根呈灰褐色。荔枝根系與真菌共生，形成菌根，為總狀分枝式。不同品種，樹表皮的色澤和糙度有差異。水東黑葉、大造等品種的樹干灰白色，表皮較光滑，黑葉、糯米糍、禾荔等品種，樹干黑褐色，表皮較粗糙。
荔枝樹樹體高大，百多年生的樹高16.0米以上，樹冠直徑15.0米以上，主干粗大。樹皮粗糙成微龜裂狀，但較龍眼光滑，灰白色、灰褐色或黑褐色。
土層瘠薄或地下水位高，樹冠較小；土層深厚肥沃，樹冠較大。駁枝繁殖的植株主干不明顯，且多為3～4條主干，成多干型，樹冠較開張，成半圓頭形；實生植株，主干明顯，成單干型，樹冠多成圓頭形。
枝梢的葉芽和花芽均是單芽，且裸露，但頂芽有雛葉包圍保護。枝梢優勢強，頂芽容易萌發成枝；腋芽，強枝者只有1～2個能萌發，其余均為潛伏芽。新梢老熟后有的枯死，由側芽變成頂芽。
由葉芽抽出帶葉的枝條稱營養枝。一般長度為20～30厘米，徒長枝長達60～100厘米。末次梢營養充足生長良好，次年能抽穗開花者，稱為結果母枝。
由結果母枝抽出的能開花結果的枝條稱結果枝。荔枝的花芽是混合芽。當花穗發育過程遇高溫時，抽出帶葉花序的結果枝；當花穗發育過程遇低溫時，抽出不帶葉的純花序，結果枝不明顯，變成花序的主軸。
