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荔枝根系因苗木繁殖方法不同而異。實生樹及嫁接樹有發達的主根;高壓(圈枝)繁殖的荔枝側根須根發達,沒有主根。荔枝的根系由很多粗壯發達的側根和纖細茂密的細根所組成,初生的幼根白色,肉質,質脆易斷,俗稱“豆芽根”。
荔枝枝梢的特性因品種而異。禾荔的枝條密而短;大造、水東疏而長;桂味硬而脆。荔枝新梢黃綠色,表皮著生許多灰白色的圓形或橢圓形的斑點;老熟的枝梢灰褐色;多年生枝條顏色較深。
荔枝葉為偶數或奇數羽狀復葉,小葉一般2~5對,對生或互生。其中禾荔復葉由1~8片小葉組成,以2~4片小葉較多。荔枝小葉橢圓形或披針形或卵圓形,長5~16厘米,寬2~5厘米,柄短,先端漸尖荔枝樹。