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老根呈灰褐色。荔枝根系與真菌共生,形成菌根,為總狀分枝式。不同品種,樹表皮的色澤和糙度有差異。水東黑葉、大造等品種的樹干灰白色,表皮較光滑,黑葉、糯米糍、禾荔等品種,樹干黑褐色,表皮較粗糙。
土層瘠薄或地下水位高,樹冠較小;土層深厚肥沃,樹冠較大。駁枝繁殖的植株主干不明顯,且多為3~4條主干,成多干型,樹冠較開張,成半圓頭形;實生植株,主干明顯,成單干型,樹冠多成圓頭形。
枝梢的葉芽和花芽均是單芽,且裸露,但頂芽有雛葉包圍保護。枝梢優勢強,頂芽容易萌發成枝;腋芽,強枝者只有1~2個能萌發,其余均為潛伏芽。新梢老熟后有的枯死,由側芽變成頂芽。
荔枝為聚傘花序,圓錐狀排列。花穗由主穗、側穗、支穗及花組構成。主穗基部(龍頭椏)及葉腋處還抽生若干腋側穗。
荔枝葉為偶數或奇數羽狀復葉,小葉一般2~5對,對生或互生。其中禾荔復葉由1~8片小葉組成,以2~4片小葉較多。荔枝小葉橢圓形或披針形或卵圓形,長5~16厘米,寬2~5厘米,柄短,先端漸尖荔枝樹。
荔枝花穗抽出至開花前的孕蕾期長短與多種因素有關,但以冬春(1~3月)的氣溫影響大,一般為30~40天,而開花期的長短則與品種、氣候、花穗抽生早遲等有關,短的僅15天,長的可達86天,荔枝樹的開花有如下特性。